La fondazione del monastero del SS. Salvatore in lingua phari, sulla falce del Porto, fu predisposta dai Normanni a partire dal 1122, nell’ambito di un ambizioso progetto di centralizzazione del monachesimo di rito greco nei territori della Contea.
Ruggero II nominò nel 1134 lo ieromonaco Luca primo Archimandrita del monastero messinese, definito nel 1132, che riuniva sotto la propria giurisdizione i cenobi siciliani della Val Demone e del sud della Calabria ospitando, tra l’altro, nella seconda metà del sec. XV, la famosa scuola di greco sotto la direzione dell’erudito Costantino Lascaris.
Dopo l’arrivo a Messina di Carlo V nel 1535, si decise il trasferimento del monastero per trasformare le fabbriche dello stesso in fortificazione militare a difesa della città. Solo la chiesa fu risparmiata anche se pochi anni dopo (1549) anch’essa andò distrutta per l’esplosione della vicina santabarbara del forte, innescata accidentalmente da un fulmine. Nel 1573 i monaci prenderanno
possesso dei nuovi edifici, ancora non ultimati, siti in prossimità della foce del torrente Annunziata.
La struttura subì diverse modifiche nei secoli successivi sino al completamento della cupola della chiesa avvenuto soltanto nel 1743. Il complesso era costituito da due ali destinate ai monaci suddivise in diciotto celle, da un seminario, una ricca biblioteca, un viridiarum e dall’alloggio dell’Archimandrita. La chiesa era ad unica grande navata con sette cappelle laterali. Il transetto, leggermente aggettante, era sormontato da un’imponente cupola, crollata durante il terremoto del 1783, e precedeva un’ampia abside semicircolare, di cui ancora sussistono i ruderi, al di là della vetrata della sala, così come avanzi della scalinata emergono sul piazzale antistante. La facciata della chiesa presentava tre grandi portali sormontati da alti balconi. Al di sotto della nave vi era la cripta provvista di sedici nicchie-colatoi per la mummificazione dei corpi, messa in luce durante i lavori di costruzione del nuovo Museo Regionale e conservata in situ.
A seguito delle leggi eversive, nel 1870 il complesso del SS. Salvatore fu adibito ad Accademia della Guardia di Finanza. Il terremoto del 1908 rase al suolo la struttura e, poco dopo, si decise di utilizzare la spianata di San Salvatore dei Greci per convogliarvi il materiale architettonico ed artistico recuperato tra le macerie della città.